天正十二年（1584年），秀吉与德川家康和织田信雄的联军产生战事（小牧悠长手之战）。秀长进军守山，监督织田信雄。以后，外甥羽柴秀次（姊阿智之宗子）因为战事得胜而被秀吉斥责，此事非常驰名。同年六月的时候，长秀将名字改成秀长。而后，秀吉远征秀长也有随军，四国征讨也有立下军功，而秀长也极力于答复秀吉对秀次的信赖。
秀长身后三年，文禄三年（1594年），秀保病故，只要十六岁，没有子嗣，大和丰臣家断绝。
天正十三年（1585年）六月，四国征讨秀长作为秀吉的代理，担负兵力超越十万人的军队总司令。但是，长宗我部氏抵挡狠恶，且因为毛利氏和宇喜多氏的结合军迟来，因而有人建议秀长向秀吉声援。而秀长送出的手札（四国御发向事）被以为是现存少量的秀长的手札之一。
天正十九年（1591年），秀长在大和国郡山城去世，享年五十二岁。秀长的老婆本名不详，只晓得法名为智云院。而秀长没有儿子，只要两个女儿おきく（阿菊）和大善院，此中阿菊嫁与秀长的姊姊阿智的三子丰臣秀保，也就是本身的表兄弟为正室，而此举的目标也是为了让秀保成为秀长的婿养子，而以后大和丰臣家的确是由秀保担当。大善院则是嫁给毛利秀元作正室，不过能够没有子嗣。别的，秀长另有一个养子藤堂高吉。