此时的足利尊氏固然获得了天皇的赐名，但是并没有获得他梦寐以求的“征夷大将军”的名号，反倒遭到后醍醐天皇的各种限定，这让足利尊氏非常绝望。
1350年，足利尊氏与足利直义兵戎相见，足利直义投奔南朝，并于次年大败足利尊氏统领的北朝军队。尊氏派人乞降，足利直义杀死高师直，随后足利尊氏与足利直义联袂言和。第二年，足利尊氏与其子一同归顺了南朝。但是兄弟俩的敦睦局面并没有维系多久，不久，足利尊氏又与足利直义产生了抵触，1352年2月，足利尊氏毒死了本身的弟弟。足利直义虽死，但他养子足利直冬带领着斯波高经、桃井直常、石堂义房、山名时氏等旧足利直义派仍然与足利尊氏作战，前后数次占据过京都。
1335年7月，即建武二年，北条氏旁支北条时行在信浓举兵，并很快攻陷镰仓，史称“中先代之乱”。8月初，足利尊氏未等天皇下诏，带领500名马队，分开京都，与其弟足利直义汇合，大破北条时行，夺回了镰仓。占有镰仓后，足利尊氏并没有返回京都，而是自称征夷大将军，向后醍醐天皇竖起了反旗，这让后醍醐天皇非常恼火。11月19日，天皇任命尊良亲王、新田义贞为正副征讨将军，讨伐足利尊氏。足利尊氏与其弟率军大败天皇的军队，其间，天皇方面也曾多次击败足利尊氏。1336年5月，足利尊氏进入京都，拥立光严天皇的同母胞弟丰仁亲王即位，是为光亮天皇。“建武复兴”由此宣布结束。
1349年，足利直义与高师直的斗争生长到了白热化阶段，高师直要求足利尊氏肃除足利直义的统统职务。足利尊氏承诺了高师直的要求，撤掉了其弟全数职务。而后，高师直更加娇纵，而足利尊氏与足利直义之间的干系也是以日趋严峻。