有人在顺治朝的翰林院学士王熙的《自撰年谱》，不测的发明了关于顺治死因的线索。书中写道，在王熙应召进入养心殿今后，病榻上的顺治帝对他说，朕得了痘症，恐怕是好不了了。所谓的痘就是天花，顺治天子从得病到驾崩，只要五天的时候。他的病症与天花病极其类似。那么顺治天子会不会就是天花病死去的。
厦门文史专家洪卜仁以为，顺治很有能够亲征的。并且清兵统帅达素之死，也存在着颇多疑点。《延平王叛逆实录》中称，顺治被炮毙后，达素惧罪他杀。在古人研讨郑胜利的另一部首要史料――《海上见闻录》中，也有近似的记录，十月清调达素回京问罪，达素在省吞金而死。如果这个记录失实，那么究竟是甚么启事，逼迫达素挑选了这条不归路？
另有一种说法是顺治死于郑胜利的炮轰。
顺治十八年（1661年）正月初八，大清帝国第一名入主中原的天子福临告病身亡。不久，有关顺治帝削发的动静就在官方广为传播，归纳颇多，给顺治之死染上奥秘色采，成为迄今仍没法定案的汗青之谜。《清史稿》、《顺治实录》、《清实录》等清官方的史册中，关于顺治之死独一寥寥数字，语焉不详，给人讳莫如深之感。
从各种史料和迹象推断，顺治患天花而归天，这仿佛是最靠近本相的答案。但是令人费解的是顺治得病归天，应当属于普通灭亡。但是清宫档案为甚么对顺治的死因只字未提，讳莫如深，莫非顺治灭亡的背后还埋没着甚么不成告人的奥妙？
作为记录顺治天子平生最权威的档案――《清世祖实录》中有一段关于顺治死前的最跋文录。顺治得病是在顺治十八年正月初二。到初六顺治已经是病入膏肓。《清世祖实录》顶用了200多字记录了顺治死前的活动，而描述他的灭亡却独一11个字，时候，地点，除此以外再也找不到任何的线索，这究竟是为甚么呢？不但如此，清朝皇室家谱《玉牒》中也仅仅只是记录了顺治驾崩的时候，对于顺治天子的死因仍然是避而不谈。
别史与官方传说最广的说法，是顺治因一代名妓董小宛归天而遁入佛门。而据史乘记录，董鄂妃确有其人，却并非董小宛。董鄂妃出身于满洲世族之家，“年十八，以德选入掖廷”，备受宠嬖。顺治十四年，董鄂妃诞下皇四子。次年正月此子不幸短命，董鄂氏悲伤欲绝，抱病不起，不久后病逝。